La formación de profesionales idóneos, competitivos, con calidad humana y excelencia científica, con conciencia crítica y capacidad de aplicar sus conocimientos, creatividad y recursos tecnológicos para resolver problemas de la base productiva y su entorno social. Promueve y desarrolla la investigación científica y los estudios humanísticos, recuperando los saberes ancestrales de la región. Impulsa y desarrolla políticas de extensión e interacción social, participando en los procesos sociales junto a su pueblo, contribuyendo a su desarrollo y acrecentando el patrimonio cultural, regional y nacional.

La Universidad Autónoma del Beni “José Ballivián” es una institución con liderazgo departamental, desarrolla una educación superior con calidad y pertinencia, coadyuva significativamente al proceso de desarrollo integral de la región, interactuando con el gobierno departamental, las alcaldías municipales y territorios indígenas. Tiene actualizados sus programas académicos y ha incorporado tecnología moderna en la gestión universitaria; las carreras en su totalidad han sido autoevaluadas y acreditadas las más antiguas. Se ha institucionalizado y categorizado el estamento docente y jerarquizado el nivel administrativo. La democracia universitaria se practica en todos los niveles de toma de decisión política y se profundiza el ejercicio del cogobierno paritario docente-estudiantil.